Използван е още през VI и VII век като крепост на римско-британската култура и власт, до превземането му от франките. Според легендата Архангел Михаил се е явил на Св. Обер, епископ на Авранш през 708 г. и му е дал наставление да построи църква на скалистия остров. През 709 г. започва да се строи и селото около абатството. След Френската революция замъкът е превърнат в затвор за духовници, противопоставящи се на новия режим. През 1863 г. ползването му като затвор е преустановено, а през 1874 г. е обявен за културно наследство на Франция. Мон Сен Мишел е вдъхновение за за архитектурата на Минас Тирит от филма "Властелинът на пръстените".
